非課税通勤手当が11年ぶりに改定！マイカー通勤者への影響と遡及適用の注意点

令和7年11月19日、所得税法施行令の改正政令が公布され、マイカーや自転車などで通勤する従業員（以下、マイカー通勤者）に支給される「通勤手当」の非課税限度額が引き上げられました。
今回の改正は 令和7年4月1日へ遡って適用 されるため、令和7年分の年末調整業務において必ず反映する必要があります。

非課税限度額の改定内容

今回の見直しは マイカー通勤者に限定された改正 であり、電車・バスなどの公共交通機関や有料道路利用者については従来の非課税枠から変更はありません。
自家用車などを利用する通勤者の非課税限度額（月額）は片道距離に応じて定められていますが、そのうち 「片道10km以上」の区分が引き上げ対象 となりました。

また、改正後の非課税限度額は 令和7年4月1日以降に支払われるべき通勤手当から適用 されます。
たとえ「3月分の通勤手当」であっても、会社の支給日が4月1日以降であれば新しい限度額が適用され、非課税枠が増えることになります。

実務で注意すべきポイント

今回の遡及適用に伴い、企業の給与・税務担当者は以下の2点に特に注意が必要です。

1. 年末調整での精算対応

令和7年4月1日以降に支払われるべき通勤手当について、改正前の限度額で既に支払い済みの場合、改正後の基準に当てはめると「過納」となるケースがあります。
その場合は 令和7年分の年末調整で税額の精算を行う必要があります。

2. 中途退職者への対応

退職者・死亡退職者・海外勤務により非居住者となった従業員など、年末調整の対象外となる人については、原則として 本人の確定申告で精算します。
すでに企業が源泉徴収票を交付している場合で、今回の改正により新たに非課税となる部分が生じるときは、支払金額を訂正し、「摘要」欄に「再交付」と記載した源泉徴収票を作成し、従業員へ再交付する必要があります。

まとめ

今回の非課税限度額の引上げは、特に片道10km以上のマイカー通勤者に利益をもたらす改正です。
令和7年4月1日から遡及適用されるため、課税通勤手当を支給している企業は該当者の有無を確認しましょう。